เซโรโทนิน เซโรโทนินถูกสังเคราะห์และปล่อยออกมาจากเซลล์เอนเทอโรโครมาฟฟินใน GI และมีบทบาทสำคัญในการควบคุมการเคลื่อนไหว ความรู้สึก และ ลำไส้แปรปรวน การหลั่งของทางเดินอาหาร เซโรโทนินที่ปล่อยออกมามากเกินไปจะถูกซับออกโดย serotonin reuptake transporter (SERT) 26 , 27ผลทางสรีรวิทยาของมันต่อผู้ป่วย IBS เป็นพื้นฐานของ 2 ชนิดย่อย ได้แก่ 5HT3 และ 5HT4 28ทำให้ผู้ป่วย IBS-C ดีขึ้น29ในขณะที่ 5HT3 มีผลย้อนกลับเป็นยาต้านอาการท้องเสียใน IBS-D เซโรโทนินส่งเสริมผลกระทบต่อระบบทางเดินอาหารผ่านการเคลื่อนไหว การหลั่ง และความรู้สึกเกี่ยวกับอวัยวะภายใน การศึกษาต่างๆ ได้ระบุถึงบทบาทของการแพ้ต่อการทำงานของ 5HT