​​ทางคลินิกออกจากโรคติดเชื้ออื่นๆ เช่น มาลาเรีย ไข้ไทฟอยด์ และเยื่อหุ้มสมองอักเสบ อาการหลายอย่างของการตั้งครรภ์และโรคอีโบลาก็ค่อนข้างคล้ายกันเช่นกัน  ผู้ป่วย เนื่องจากมีความเสี่ยงต่อการตั้งครรภ์ สตรีมีครรภ์ควรได้รับการตรวจอย่างรวดเร็วหากสงสัยว่าเป็นโรคอีโบลาการยืนยันว่าอาการเกิดจากการติดเชื้อไวรัสอีโบลาทำได้โดยใช้วิธีการวินิจฉัยดังต่อไปนี้การทดสอบภูมิคุ้มกันที่เชื่อมโยงกับเอนไซม์ที่จับแอนติบอดี (ELISA)การทดสอบการตรวจจับการจับแอนติเจนการทดสอบการวางตัวเป็นกลางของซีรั่มการทดสอบปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสแบบย้อนกลับ (RT-PCR)กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนการแยกไวรัสโดยการเพาะเลี้ยงเซลล์ควรพิจารณาอย่างรอบคอบในการเลือกชุดตรวจวินิจฉัย ซึ่งคำนึงถึงข้อกำหนดทางเทคนิค อุบัติการณ์ของโรคและความชุกของโรค และผลการทดสอบโดยนัยทางสังคมและทางการแพทย์ ขอแนะนำอย่างยิ่งให้พิจารณาใช้การทดสอบวินิจฉัยซึ่งผ่านการประเมินโดยอิสระและเป็นสากล