ไวรัสอีโบลาอยู่ในตระกูล Filoviridae ซึ่งรวมถึงไวรัส Marburg และ Cueva ด้วย เช่นเดียวกับโรคติดต่อจากสัตว์สู่คนอื่นๆ (โรคซาร์ส ไข้หวัดใหญ่ และโรคพิษสุนัขบ้า) ไวรัสอีโบลาถูกกักขังโดยแหล่งสะสมของสัตว์ตามธรรมชาติ ในกรณีของอีโบลาเชื่อว่ารวมถึงค้างคาวหนึ่งสายพันธุ์หรือมากกว่านั้น ตามการศึกษาทางวิทยาศาสตร์ก่อนหน้านี้ การระบาดของ อีโบลา ในแอฟริกากลางก่อนหน้านี้เกี่ยวข้องกับการตัดไม้ทำลายป่าและการล่าเนื้อบุช ซึ่งกรณีของมนุษย์เชื่อมโยงกับการสัมผัสและการบริโภคลิงชิมแปนซี กอริลล่า และดุยเกอร์ที่ติดเชื้อ สัตว์เหล่านี้ยังตกเป็นเหยื่อของไวรัสอีโบลาและยังคงเป็นปริศนาว่าพวกมันติดเชื้อได้อย่างไร อย่างไรก็ตาม มีหลักฐานมากมายที่บ่งชี้ว่าไวรัส filoviruses เช่น Ebola และ Marburg virus ถูกพาหะโดยค้างคาว