อย่างไรก็ตาม มีข้อโต้แย้งอย่างต่อเนื่องเกี่ยวกับการใช้โปรไบโอติกในแง่ของความสอดคล้องของประสิทธิภาพทางคลินิก20และความสามารถในการทำซ้ำของผลการทดลองในแบบจำลองตัวแทนต่างๆ21 โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การทดลองตรวจสอบผลประโยชน์ของแบคทีเรียโปรไบโอติกที่มีต่อ เนื้อเยื่อ ลำไส้ที่รั่วนั้นเป็นเรื่องท้าทาย โดยที่ยังต้องมีการแก้ไขแบบจำลองที่จำกัดในการตรวจสอบฟังก์ชันการป้องกันและการรักษา ตัวอย่างเช่น โมเดลสัตว์มีความซับซ้อนในการกระตุ้นให้เกิดสิ่งกีดขวางเยื่อบุผิวที่รั่วเพื่อทดสอบระบบการปกครองของโปรไบโอติกโดยเฉพาะ นอกจากนี้ การตอบสนองของหลายเซลล์และปัจจัยทางภูมิคุ้มกันที่ซับซ้อนมักทำให้ความเข้าใจเกี่ยวกับการมีส่วนร่วมอย่างอิสระของสายพันธุ์โปรไบโอติกที่เฉพาะเจาะจงต่อการฟื้นฟูสิ่งกีดขวางซับซ้อนขึ้น22. นอกจากนี้ การล่าอาณานิคมที่ไม่ดีของสายพันธุ์โปรไบโอติกที่ได้รับการจัดการ (เช่นEscherichia coli Nissle 1917 23 ) ขัดขวางการตีความการทดลองที่เชื่อถือได้ ในกรณีของแบบจำลองในหลอดทดลอง