เชื่อกันว่าโปรไบโอติกที่กินเข้าไปจะเปลี่ยนแปลงพืชในลำไส้ที่ผิดปกติหรือเปลี่ยนความอดทนของผู้ป่วยที่มีต่อพืชในลำไส้ของตนเอง และด้วยเหตุนี้จึงมีบทบาทในการเกิดโรคของความผิดปกติของระบบทางเดินอาหารหลายอย่าง ความผิดปกติต่อไปนี้ได้รับการศึกษา ไบโอติกส์ โดยทั่วไปเกี่ยวกับการแทรกแซงโปรไบโอติก โรคอุจจาระร่วงที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะ (AAD) อาจป้องกันได้โดยการใช้โปรไบโอติกร่วมกัน ตามที่แนะนำโดยการทดลองแบบสุ่มที่มีกลุ่มควบคุม (RCTs) หลายครั้ง การวิเคราะห์เมตาที่ครอบคลุมหลายรายการซึ่งตีพิมพ์เมื่อเร็วๆ นี้ ล้วนแสดงให้เห็นว่าโปรไบโอติกลดอุบัติการณ์ของ AAD ลงได้อย่างมีนัยสำคัญ (RR 0.39–0.43) ผลที่ได้มีความคล้ายคลึงกันในทุกหมวดหมู่และสูตรของโปรไบโอติกและระยะเวลาการรักษา โปรไบโอติกที่ใช้กันมากที่สุดคือS. boulardii , LABs และ LABs หลายชนิดรวมกัน โดยให้ในขนาดตั้งแต่ 10 7ถึง 10 11เป็นระยะเวลา 5–49 วัน โดยทั่วไปจะขนานไปกับระยะเวลาของการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ หนึ่งในการวิเคราะห์เมตาพบว่าS. boulardii, L. rhamnosusและโปรไบโอติกหลายชนิดที่ผสมกันหลายชนิดมีความสามารถในการป้องกัน AAD ได้ดีที่สุด [ McFarland, 2006 ] มีการศึกษาการเตรียมการเฉพาะอื่นๆ ในระดับที่น้อยกว่า และนั่นอาจเป็นสาเหตุว่าทำไมประสิทธิภาพของพวกเขาจึงมีความสำคัญน้อยกว่า การทดลองแบบสุ่ม ปกปิดสองครั้ง กลุ่มควบคุมด้วยยาหลอกในบุคคลที่มีอายุมากกว่า 50 ปี โดยใช้L. casei , L. bulgaricusและS. thermophilusร่วมกัน 2 ครั้งต่อวันระหว่างการใช้ยาปฏิชีวนะและเป็นเวลา 1 สัปดาห์หลังจากสิ้นสุดการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะพบว่า อุบัติการณ์ของ AAD ลดลง