พิษในกระเพาะอาหารเป็นพิษต่อเมื่อกินทางปากเท่านั้น และมีประโยชน์มากที่สุดกับแมลงที่มีปากกัดหรือเคี้ยว เช่น ตัวหนอน แมลงปีกแข็ง และตั๊กแตน สารพิษในกระเพาะอาหารที่สำคัญคือสารหนูเช่น Paris green (copper acetoarsenite) ตะกั่ว arsenate และแคลเซียม arsenate และสารประกอบฟลูออรีน ยาฆ่าแมลง ได้แก่ โซเดียมฟลูออไรด์และไครโอไลต์ ใช้เป็นสเปรย์หรือฝุ่นบนใบและลำต้นของพืชที่แมลงเป้าหมายกิน สารพิษในกระเพาะอาหารค่อยๆ ถูกแทนที่ด้วยยาฆ่าแมลงสังเคราะห์ ซึ่งไม่เป็นอันตรายต่อมนุษย์และสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ