อย่างไรก็ตาม สาหร่ายบางชนิดสร้างความเสียหายต่อปลา นกน้ำ นกชายฝั่ง และสิ่งมีชีวิตในน้ำอื่นๆ และอาจส่งผลเสียต่อสุขภาพของมนุษย์ ดอกไม้ที่เป็นอันตรายเหล่านี้มักถูกกระตุ้นโดยปุ๋ยทางการเกษตรที่ไหลบ่าลงสู่ทางน้ำ ซึ่งส่งเสริมให้แพลงก์ตอนพืชเติบโตอย่างรวดเร็ว ดอกไม้จะหนาแน่นมากจนบังแสงแดดไม่ให้ส่องถึงพืชใต้น้ำและสิ่งมีชีวิตสังเคราะห์แสงอื่นๆ และอาจอุดตันเหงือกของปลาและทำให้หายใจไม่ออก ดอกไม้บานขนาดใหญ่ยังสามารถทำให้ระดับออกซิเจนในน้ำหมดลงอย่างรวดเร็ว สารอันตราย ทำให้ปลาและสัตว์น้ำอื่นๆ ตายได้ ดอกไม้บางชนิดสร้างสารพิษ ซึ่งอาจทำให้หอยไม่ปลอดภัยต่อการบริโภคของมนุษย์ ฆ่าหรือทำให้นกและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในทะเลตายหรือป่วย และยังทำให้ปอดและผิวหนังระคายเคืองต่อผู้คนที่อยู่ใกล้เคียง ในทางเศรษฐกิจ การเกิดสาหร่ายที่เป็นอันตรายทำให้เกิดการสูญเสียการท่องเที่ยวเมื่อชายหาดและทะเลสาบปิด และส่งผลกระทบในทางลบต่อการพักผ่อนหย่อนใจและการประมงเชิงพาณิชย์